กลุ่มอาการมาร์แฟนสามารถมีโอกาสถ่ายทอดไปยังบุตรในครรภ์ได้ถึง 50 เปอร์เซ็นต์ การตรวจน้ำคร่ำเพื่อวินิจฉัยกลุ่มอาการมาร์แฟนในครรภ์นั้นไม่แนะนำให้กระทำ เนื่องจากถึงตรวจพบว่ามียีนผิดปกติเหมือนบิดามารดา แต่ไม่สามารถทำนายความรุนแรงที่จะเกิดขึ้นได้ ดังที่กล่าวมาแล้วว่าอาการที่ตรวจพบค่อนข้างหลากหลาย แม้ในครอบครัวเดียวกันก็ตาม อีกทั้งภาวะแทรกซ้อนต่างๆสามารถป้องกันได้ทั้งหมด ถ้าทารกคลอดออกมาแล้วก็จะมีการตรวจติดตามอย่างใกล้ชิดและแก้ไขความผิดปกติที่เกิดขึ้นตั้งแต่วัยเด็ก ก็จะช่วยให้เด็กเติบโตมาเป็นประชากรที่ดีในสังคมได้ การวางแผนครอบครัวเป็นสิ่งสำคัญ คู่สมรสที่มีปัญหามาร์แฟนต้องรับรู้โอกาสเสี่ยงที่จะมีบุตรมีอาการนี้ก่อนเสมอ
ปัญหาสำคัญอยู่ที่ระบบหัวใจและหลอดเลือดว่ามีปัญหาหลอดเลือดแดงโป่งพองมากน้อยแค่ไหน หรือ มีลิ้นหัวใจรั่วมากน้อยแค่ไหน ต้องฝากครรภ์อย่างใกล้ชิดและมีการตรวจคลื่นเสียงสะท้อนหัวใจเป็นระยะ เพราะมีโอกาสที่หลอดเลือดแดงใหญ่จะโป่งพองมากขึ้นได้ ในช่วงใกล้คลอดต้องดูแลเป็นพิเศษเพื่อป้องกันภาวะหัวใจล้มเหลวและเลือดเซาะผนังหลอดเลือดแดงใหญ่ อย่างไรก็ตามก่อนที่จะตั้งครรภ์ควรมารับคำปรึกษาถึงอัตราเสี่ยงต่างๆจากแพทย์ก่อนเสมอ